Виртуальный хостинг и безопасность

На FreeBSD есть патчик для cgi, который джайлит процесс. Это что касаемо CGI
Так же есть возможность на втором апаче делать peruser - запускать процессы от разных пользователей.

Насколько известно, модуль, который обеспечивает peruser на втором Apache еще не окончательно доработан, и запускать его в промышленную эксплуатацию вряд ли имеет смысл. Разве что самому дорабатывать.

Одним из возможных решений проблемы может быть использование front-end + back-end.
Читать здесь: forum.searchengines.ru/showthread.php?t=99925